近年来，随着我市科学技术研究和开发的力度加大，研发经费的投入总量逐年增长，2007年度已经达到4385.09万元，其中研发项目支出1406.3万元,占三分之一。从效益管理的角度看，我市科技项目管理存在两大难题亟待破解。是科技项目的技术含量缺乏明确标准。调查发现，我市科技管理部门在科技项目从立项公告到拨款的程序管理方面比较规范，但在实质性审查方面，即科技项目的技术含量、创新性审查方面，专家组的意见比较笼统、简单，没有引用相关的技术标准。如一些项目的评价使用“生产工艺基本合理,具备项目实施的基本条件”、“系统功能完善,具有较高的社会经济效益”等表述，难以体现出该项目的先进性和创新性；同时对落选的项目没有注明落选原因。科技局在选择科技项目时，应引用有关技术量化标准，明确入选项目的技术目标。

二是科技管理部门对科技项目经费投入考核不到位。调查发现,截至2007年底,我市科技管理部门在组织重大验收时没有要求科技项目经费使用单位办理固定资产验收和财务决算,也没有要求承担单位提供合法的财务资料,一般以项目承担单位提供的经费使用情况为依据。本次审计调查共走访11家工业企业,绝大多数企业都没有进行专项核算。如某公司项目合同约定经费总预算68万元, 应购买设备12万元,但据公司账面反映投入固定资产仅1万元。上述做法，不能保证科技项目资金投入的真实性,从而使科技经费引导企业加大科研投入的杠杆作用弱化。科技部门应加强科技项目财务方面的监督考核, 通过细化合同条款，强化合同文本的约束作用，提高科技项目承担单位加大科研投入的意识，为提升我市产业水平、促进经济结果的调整作出更大的贡献。